Jovana Popovic destacó en el Campeonato de Europa U16 de 2007, llegando hasta las semifinales y promediando 13.4 puntos, 3.1 rebotes y 2 asistencias por partido con la Selección Serbia. Posteriormente disputó el Campeonato de Europa U20 de 2009 y también el de 2010 en el que promedió 8.4 puntos, 3.6 rebotes y 4 asistencias por partido, siendo la segunda mejor pasadora del campeonato.

Jovana Popovic firmó con Vojvodina en la temporada 2011/12 y promedió 14.3 puntos, 3.4 rebotes y 2.9 asistencias en Liga Adriática y 11.3 puntos y 4 rebotes por partido en Liga serbia. Posteriormente, Jovana renovó con Vojvodina para la temporada 2012/13 y promedió 19.7 puntos y 5.7 asistencias por partido en Liga Serbia.

Jovana inició la temporada 2013/14 también en Vojvodina y promedió 20.1 puntos, 3.9 rebotes y 4.4 asistencias en Liga serbia y 13 puntos 2.8 rebotes y 3.5 asistencias en Liga Adriática para en marzo de 2014 firmar por Partizan y promediar 20.2 puntos, 4.3 rebotes y 5.5 asistencias en Liga Serbia.

Llegada la temporada 2014/15, Jovana Popovic firmó por Buducnost y promedió 15.6 puntos, 2.9 rebotes y 4.9 asistencias por partido en la Liga Adriática, siendo la mejor pasadora de la competición. Jovana renovó con Buducnost para la temporada 2015/16 y promedió 15.6 puntos, 3.1 rebotes y 5.4 asistencias por partido, ganando la Liga Adriática y formando parte del mejor quinteto. Ambas temporadas, Jovana ganó también la Liga de Montenegro.

En la temporada 2016/17, Jovana Popovic debutó en Euroliga con el Hatay turco y promedió 4.1 puntos y 2.1 rebotes en 16 minutos por partido, destacando ante Perfumerías Avenida con 16 puntos y +17 valoración y ante Sopron con 13 puntos y +15 valoración. En liga turca, Jovana promedió 7.6 puntos, 2.9 rebotes y 2.5 asistencias en 23 minutos por partido, destacando ante Mersin con 22 puntos y +21 valoración.

En la temporada 2017/18, Jovana Popovic firmó con el Cegledi húngaro y promedió 12.6 puntos, 2.8 rebotes y 3.3 asistencias en 23 minutos por partido en Liga Húngara y 8.5 puntos, 2.2 rebotes y 2.3 asistencias en 19 minutos por partido en la Eurocup.

En la temporada 2018/19, Jovana Popovic renovó con Cegledi y promedió 14.9 puntos, 3.4 rebotes y 3.2 asistencias en Liga Húngara y 18.3 puntos, 3.2 rebotes y 2.7 asistencias por partido en la Eurocup.

Llegada la temporada 2019/20, Jovana Popovic firmó en Polonia con Lublin y promedió 12.6 puntos, 2.7 rebotes y 2.9 asistencias por partido consiguiendo la cuarta posición en la Liga Polaca.

Jovana Popovic jugó en Poznan durante la temporada 2020/21 y promedió 14 puntos y 3.6 asistencias por partido en la Liga Polaca, siendo nombrada en el mejor quinteto de europeas de la competición.

En la temporada 2021/22, Jovana Popovic renovó con Poznan y promedió 12.9 puntos, 3.9 rebotes y 4.4 asistencias por partido.

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